Absences et indemnités sur la fiche de paie : le guide 2026

Quand un salarié est absent, sa rémunération vient de deux sources distinctes, et c'est cette distinction qui commande tout le traitement de la paie — cotisations comme impôt. Ce guide récapitule, motif par motif, qui paie, ce qui est soumis aux charges sociales et à l'impôt à la source, et les plafonds 2026. Il complète notre FAQ sur les salaires et charges sociales.

Deux sources de rémunération pendant une absence Lien copié !

Sur la fiche de paie, il faut toujours séparer deux lignes, car elles ne suivent pas les mêmes règles :

Motifs d'absence : qui paie et combien Lien copié !

Chaque motif d'absence relève d'une base légale ou d'une assurance différente, avec ses propres taux et plafonds. Voici le tableau de référence pour 2026 :

Maladie : le maintien de salaire (art. 324a CO) Lien copié !

L'employeur doit verser au moins 3 semaines de salaire à 100 % la 1re année de service, puis une durée croissante selon l'échelle cantonale applicable :

• Échelle bernoise : la majorité des cantons (dont Fribourg, Vaud, Genève…)
• Échelle zurichoise : ZH, SH, TG, GR, ZG
• Échelle bâloise : BS, BL

La durée se compte par année de service, pas par année civile. En pratique, une assurance Indemnités journalières Montant versé par une assurance pour chaque jour d'incapacité de travail.IJ maladie collective remplace souvent cette obligation (art. 324a al. 4 CO) si elle est au moins équivalente (≥ 80 % du salaire, ≥ 720/730 jours, participation patronale ≥ 50 % des primes). Pendant le délai d'attente de la police (0 à 60+ jours), l'employeur reste tenu de couvrir l'absence selon l'art. 324a CO.

Accident : les jours de carence Lien copié !

Les trois premiers jours — jour de l'accident inclus — sont à la charge de l'employeur (min. 80 %, art. 16 Assurance-accidents obligatoire Couvre les accidents professionnels et non professionnels, indemnités dès le 3e jour à 80 %.LAA / 324b CO). Dès le 3e jour, l'assureur Assurance-accidents obligatoire Couvre les accidents professionnels et non professionnels, indemnités dès le 3e jour à 80 %.LAA verse 80 % du gain assuré, plafonné à 406 CHF/jour (148'200 CHF/an), soit une Indemnités journalières Montant versé par une assurance pour chaque jour d'incapacité de travail.IJ maximale d'environ 324.80 CHF/jour.

Cotisations sociales : ce qui est soumis Lien copié !

Point le plus contre-intuitif de toute la paie d'absence : seules les Indemnités journalières Montant versé par une assurance pour chaque jour d'incapacité de travail.IJ maladie et accident échappent aux cotisations. Les allocations Allocations pour perte de gain Indemnise le revenu pendant le service, la maternité ou la paternité.APG et les autres revenus de remplacement cotisés (Indemnités journalières Montant versé par une assurance pour chaque jour d'incapacité de travail.IJ Assurance-invalidité Couvre la perte de gain en cas d'invalidité, prélevée avec l'AVS.AI, assurance militaire, chômage) y sont, eux, soumis.

• Complément employeur : si l'employeur monte les 80 % d'Indemnités journalières Montant versé par une assurance pour chaque jour d'incapacité de travail.IJ à 100 %, la part complémentaire reste du salairesoumise aux cotisations.
• Prime Assurance-accidents obligatoire Couvre les accidents professionnels et non professionnels, indemnités dès le 3e jour à 80 %.LAA : aucune prime Assurance-accidents obligatoire Couvre les accidents professionnels et non professionnels, indemnités dès le 3e jour à 80 %.LAA n'est prélevée sur les Indemnités journalières Montant versé par une assurance pour chaque jour d'incapacité de travail.IJ elles-mêmes.
• Allocations familiales : maintenues le mois en cours + les 3 mois suivants en cas d'incapacité totale, et pendant les congés légaux (maternité, autre parent, adoption, prise en charge).

Impôt à la source : la règle inverse Lien copié !

Côté impôt à la source (Impôt à la source Impôt prélevé directement sur le salaire de certains employés, notamment les titulaires d'un permis étranger.IS), la logique s'inverse : les indemnités journalières sont bien imposables. Les Indemnités journalières Montant versé par une assurance pour chaque jour d'incapacité de travail.IJ maladie, accident, Assurance-invalidité Couvre la perte de gain en cas d'invalidité, prélevée avec l'AVS.AI, chômage et assurance militaire comptent à 100 % comme revenu imposable à la source.

• Qui prélève : si l'Indemnités journalières Montant versé par une assurance pour chaque jour d'incapacité de travail.IJ transite par l'employeur, c'est lui qui prélève l'Impôt à la source Impôt prélevé directement sur le salaire de certains employés, notamment les titulaires d'un permis étranger.IS au barème habituel ; si l'assureur verse directement au salarié, c'est l'assureur qui prélève.
• Salaire maintenu, complément, congés courts : soumis à l'Impôt à la source Impôt prélevé directement sur le salaire de certains employés, notamment les titulaires d'un permis étranger.IS normalement.
• Allocations Allocations pour perte de gain Indemnise le revenu pendant le service, la maternité ou la paternité.APG : soumises à l'Impôt à la source Impôt prélevé directement sur le salaire de certains employés, notamment les titulaires d'un permis étranger.IS, prélevé sur le montant brut (avant déduction Assurance-vieillesse et survivants Rente de base pour la retraite et les survivants, cotisation d'environ 5,3 % côté employé.AVS/Assurance-invalidité Couvre la perte de gain en cas d'invalidité, prélevée avec l'AVS.AI/Allocations pour perte de gain Indemnise le revenu pendant le service, la maternité ou la paternité.APG/Assurance-chômage Indemnise la perte d'emploi, cotisation partagée entre employeur et employé.AC).
• Détermination du taux : sur un salaire réduit (p. ex. 80 %), certains cantons calculent le taux Impôt à la source Impôt prélevé directement sur le salaire de certains employés, notamment les titulaires d'un permis étranger.IS sur un taux d'occupation théorique à 100 %, puis l'appliquent au montant effectivement versé.
• Certificat de salaire : les allocations pour perte de gain figurent en principe au chiffre 7 ; portées au chiffre 1, en indiquer la nature et la durée au chiffre 15.

Pour le calcul du barème lui-même, voir notre barème d'impôt à la source 2026.

Salaire assuré et base de calcul Lien copié !

Mémo de calcul en 7 étapes Lien copié !

Trois cas concrets, chiffrés Lien copié !

Pour ancrer ces règles, voici trois situations fréquentes avec des salaires différents. Elles montrent comment le motif et la durée changent qui paie, à quel taux, et ce qui est soumis aux cotisations. Les montants d'impôt à la source sont donnés à titre indicatif, car le taux dépend du canton, de l'état civil et du barème.

Cas 1 : grossesse puis maternité (CHF 9'000/mois) Lien copié !

Une employée gagne 9'000 CHF par mois. Au 7e mois, son médecin certifie une incapacité de travail liée à la grossesse. Ce n'est pas encore le congé maternité : tant que l'enfant n'est pas né, l'arrêt relève de la maladie (art. 324a CO), avec maintien du salaire ou indemnités journalières à 80 %, soit environ 7'200 CHF par mois. Le congé maternité Allocations pour perte de gain Indemnise le revenu pendant le service, la maternité ou la paternité.APG ne démarre qu'à l'accouchement.

Cas 2 : jambe cassée au ski, 8 mois d'arrêt (CHF 7'000/mois) Lien copié !

Un salarié à 7'000 CHF par mois se casse la jambe au ski, un accident non professionnel couvert par la Assurance-accidents obligatoire Couvre les accidents professionnels et non professionnels, indemnités dès le 3e jour à 80 %.LAA. Les deux premiers jours (jour de l'accident et le lendemain) sont à la charge de l'employeur, à 80 % du salaire. Dès le 3e jour, l'assureur Assurance-accidents obligatoire Couvre les accidents professionnels et non professionnels, indemnités dès le 3e jour à 80 %.LAA verse 80 % du gain assuré, soit 184 CHF par jour, bien en dessous du plafond de 324.80 CHF.

Cas 3 : une semaine de maladie (CHF 5'500/mois) Lien copié !

Un salarié à 5'500 CHF par mois est malade cinq jours ouvrés. L'absence est bien plus courte que le délai d'attente de l'assurance Indemnités journalières Montant versé par une assurance pour chaque jour d'incapacité de travail.IJ maladie, donc aucune indemnité journalière n'entre en jeu. L'employeur maintient 100 % du salaire (art. 324a CO), traité exactement comme un salaire normal.